Opened 12 years ago

Closed 9 years ago

#69 closed defect (fixed)

NetCDFs oper_gfs

Reported by: max Owned by: MarkelGarcia
Priority: blocker Milestone:
Component: Web Keywords:
Cc: chus, daniel, MarkelGarcia, antonio, gutierjm, sixto

Description

He estado siguiendo un poco los pasos a ver por qué podrían estar fallando los archivos en iMeteo, y parece que algunos no tienen bien definido el grid. al menos mi toolsUI tampoco puede abrir algunos de ellos, por ejemplo el /oper_gfs20100708124_1_1_1_1_1_1_d01.t2x.nc

Echadle un vistazo a ver si es cosa mía o toca arreglar los ficheros.

Change History (7)

comment:1 in reply to: ↑ description ; follow-up: Changed 12 years ago by antonio

Markel Wrote:
Hola

A mi ese archivo si me lo abre el toolsUI, y los otros programas (CDO..etc). A primera vista no le veo nada raro... Ahora me tengo que ir, cuando pueda lo miraré mejor. ¿Qué error te da exactamente?

Saludos

Replying to max:

He estado siguiendo un poco los pasos a ver por qué podrían estar fallando los archivos en iMeteo, y parece que algunos no tienen bien definido el grid. al menos mi toolsUI tampoco puede abrir algunos de ellos, por ejemplo el /oper_gfs20100708124_1_1_1_1_1_1_d01.t2x.nc

Echadle un vistazo a ver si es cosa mía o toca arreglar los ficheros.

comment:2 in reply to: ↑ 1 Changed 12 years ago by antonio

daniel wrote:
Hola Markel,

toolsUI sí lo abre pero no permite visualizarlo. El mensaje que muestra es: "No gridded fields in the Operativo GFS".

Me refiero al archivo /vols/oceano/cera/RELOCATED_DUE_TO_SPACE_REASONS/UC/OPERWRF12/2010070812/oper_gfs20100708125_1_1_1_2_2_2_d02.t2n.nc

un saludo

Replying to MarkelGarcia:

Markel Wrote:
Hola

A mi ese archivo si me lo abre el toolsUI, y los otros programas (CDO..etc). A primera vista no le veo nada raro... Ahora me tengo que ir, cuando pueda lo miraré mejor. ¿Qué error te da exactamente?

Saludos

Replying to max:

He estado siguiendo un poco los pasos a ver por qué podrían estar fallando los archivos en iMeteo, y parece que algunos no tienen bien definido el grid. al menos mi toolsUI tampoco puede abrir algunos de ellos, por ejemplo el /oper_gfs20100708124_1_1_1_1_1_1_d01.t2x.nc

Echadle un vistazo a ver si es cosa mía o toca arreglar los ficheros.

comment:3 in reply to: ↑ description Changed 12 years ago by antonio

  • Cc sixto added
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Hola a todos,

El problema está en que por mucho que a una variable le llamemos height no quiere decir que sea una coordenada de altura. Claro, resulta confuso porque las variables lon, lat y time las pilla sin problemas. (me viene a la memoria lo de ¿para que sirve el metadato?)

Si abris el fichero con el ToolsUI (version >4.0) y vais a la pestaña de FeatureTypes->Grids no sale nada porque no encuentra ningún grid Georeferenciado, que es lo que quiere decir No gridded fields ... del mensaje de error.

Un Grid es una variable del NetCDF con un Sistema de Coordenadas Grid (Grid Coordinate System, GCS), y es precisamente lo que le falta a la variable. http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/tutorial/GridDatatype.html

Si vais a la pestaña de CoordSys del ToolsUI y cargais el fichero de datos, en panel superior aparece la variable temperatura con el sistema de coordenadas que ha wbcontrado en esa variable (primera columna) pero su dataType no es de nigún tipo reconocido (segunda columna, vacía).

Si miramos la parte inferior, observamos que asocia a cada variable lon, lat, y time les asocia un AxisType, Lat,Lon y Time, pero a height no le pone ningún AxisType, que debería ser Height.

Por que? en principio en el Dataset hay que que declarar todos los sistemas georeferenciados, y decir que variable pertenece a que sistema. En un Datase puede haber más de un AxisType del mismo tipo (i.e. Lat,Lon, Height, Ensembles, Runtime, Time,....) y varios sistemas de coordendas georeferenciados.

Lo que sucede que para simplificar las cosas la librería netcdf-java, puede deducir de forma implícita toda esta información a partir de las Variables Coordenads definidas y sus unidades. En este archivo parece que se monta un lío.

Solo hay que agregar el atributo apropiado a la variable height he indicarle que su AxixType es Height:

height:_CoordinateAxisType="Height"

si quereis probarlo podeis generar el siguiente .ncml, junto al archivo para agregarle el atributo

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<netcdf xmlns="http://www.unidata.ucar.edu/namespaces/netcdf/ncml-2.2" location="oper_gfs2010070812__4_1_1_1_1_1_1_d02.t2x.nc" enhance="false">
 <variable name="height">
    <attribute name="_CoordinateAxisType" value="Height" />
 </variable>
 </netcdf>

Mi consejo, es que se definan todos los AxisTypes? de for explicita, y por consiguiente también todos los Sistemas de Coordenadas Georeferenciados para evitar estos rollos.

Si además se hace esto, se pueden agrupar en el mismo fichero netcdf todas las variables que ahora mismo se están generando.

Podemos arreglarlo de 2 formas o generando el .ncml o generando los datos con el metadato correcto.

Que quereis hacer? genero yo con todo como debería ser?

Replying to max:

He estado siguiendo un poco los pasos a ver por qué podrían estar fallando los archivos en iMeteo, y parece que algunos no tienen bien definido el grid. al menos mi toolsUI tampoco puede abrir algunos de ellos, por ejemplo el /oper_gfs20100708124_1_1_1_1_1_1_d01.t2x.nc

Echadle un vistazo a ver si es cosa mía o toca arreglar los ficheros.

comment:4 Changed 12 years ago by antonio

  • Owner changed from antonio to MarkelGarcia

comment:5 Changed 12 years ago by MarkelGarcia

Hola

Muchas gracias Antonio. Creo que lo ideal sería que el script de python que convierte la salida a convenciones CF hiciese ya esto. Así Imeteo podría abrir cualquier simulación 'made in ASNA' que esté postprocesada.

Yo no controlo el python... de todas formas lo estoy mirando y creo que ya he encontrado el sitio donde define los atributos, voy a probar a ver si poniéndolo ahí ya funciona.

Version 0, edited 12 years ago by MarkelGarcia (next)

comment:6 Changed 12 years ago by MarkelGarcia

Como no se hacerlo con el python he agregado el atributo height:_CoordinateAxisType="Height"
con el R al operativo de hoy (sólo ha corrido una física, por eso hay menos archivos, pero para probarlo da igual)

/oceano/gmeteo/DATA/UC/OPERWRF12/2010071112/

El toolsui parece que lo reconoce.

Si funciona podría hacer un apaño temporal así.

comment:7 Changed 9 years ago by MarkelGarcia

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