Changes between Version 16 and Version 17 of Altamira
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Altamira
v16 v17 6 6 El objetivo de esta práctica es tomar contacto con el uso del Supercomputador Altamira, así como del sistema de colas [https://computing.llnl.gov/linux/slurm/ SLURM] instalado en él: 7 7 8 1.Conéctese al frontend de Altamira (altamira1.ifca.es) mediante el comando `ssh` (!Linux/Mac OS) o el programa [http://the.earth.li/~sgtatham/putty/latest/x86/putty.exe PyTTY] (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido un correo con una cuenta y una clave de acceso:8 * Conéctese al frontend de Altamira (altamira1.ifca.es) mediante el comando `ssh` (!Linux/Mac OS) o el programa [http://the.earth.li/~sgtatham/putty/latest/x86/putty.exe PyTTY] (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido un correo con una cuenta y una clave de acceso: 9 9 {{{ 10 10 [user@localmachine ~]$ ssh user@altamira1.ifca.es 11 11 }}} 12 12 13 2.Desde el frontend, utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job. Para lo cual, será necesario utilizar el comando '''mnsubmit''', así como los editores '''vi''' o '''nano'''.13 * Desde el frontend, utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job. Para lo cual, será necesario utilizar el comando '''mnsubmit''', así como los editores '''vi''' o '''nano'''. 14 14 15 15 Plantilla: … … 30 30 }}} 31 31 32 3.Envío del job:32 * Envío del job: 33 33 {{{ 34 34 [user@login1 ~]$ mnsubmit sleep_template 35 35 Submitted batch job 621336 36 36 }}} 37 4.Para monitorizar el job use el comando '''mnq''':37 * Para monitorizar el job use el comando '''mnq''': 38 38 {{{ 39 39 [user@login1 ~]$ mnq … … 42 42 43 43 }}} 44 5.Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de '''output'''(sleep_%j.out) y '''error'''(sleep_%j.err).44 * Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de '''output'''(sleep_%j.out) y '''error'''(sleep_%j.err). 45 45 46 46 == Práctica 2 == 47 47 Una vez enviado nuestro primer job, ejecutaremos un job de tipo openMP usando el código del programa [http://moodle.unican.es/moodle27/pluginfile.php/96708/mod_resource/content/0/HelloWorldOpenMP.c HelloWorldOpenMP]. 48 48 49 1.Haciendo uso del programa '''module''' cargar el compilador ''gcc'':49 * Haciendo uso del programa '''module''' cargar el compilador ''gcc'': 50 50 {{{ 51 51 [user@login1 ~]$ module load gcc … … 53 53 }}} 54 54 55 2.Compilar el programa ''HelloWorldOpenMP.c'' y generar un ejecutable con el nombre ''HelloWorldOpenMP'':55 * Compilar el programa ''HelloWorldOpenMP.c'' y generar un ejecutable con el nombre ''HelloWorldOpenMP'': 56 56 {{{ 57 57 [user@login1 ~]$ gcc HelloWorldOpenMP.c -fopenmp -o HelloWorldOpenMP 58 58 }}} 59 59 60 3.Plantilla a ejecutar en el supercomputador:60 * Plantilla a ejecutar en el supercomputador: 61 61 {{{ 62 62 #!/bin/bash … … 78 78 Para mas información sobre las variables de entorno [http://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_OUTPUT%20ENVIRONMENT%20VARIABLES link] 79 79 80 4.Envió del job openMP:80 * Envió del job openMP: 81 81 {{{ 82 82 $ module load gcc … … 86 86 }}} 87 87 88 5.Una vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros '''output''' (openmp_%j.out) y '''error''' (openmp_%j.err).88 * Una vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros '''output''' (openmp_%j.out) y '''error''' (openmp_%j.err). 89 89 90 90 == Práctica 3 == … … 110 110 Donde '''XX''' es el número de ''threads'' a ejecutar. 111 111 112 1.Envíe 3 jobs con '''XX''' igual a 8, 16 y 32, y compruebe si los resultados son el esperados.112 * Envíe 3 jobs con '''XX''' igual a 8, 16 y 32, y compruebe si los resultados son el esperados. 113 113
