ALTAMIRA

Práctica 1

El objetivo de esta práctica es tomar contacto con el uso del Supercomputador Altamira, así como del sistema de colas ?SLURM instalado en él:

1. Conéctese al frontend de Altamira (altamira1.ifca.es) mediante el comando ssh (Linux/Mac OS) o el programa ?PyTTY (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido un correo con una cuenta y una clave de acceso:

   [user@localmachine ~]$ ssh user@altamira1.ifca.es
   

2. Desde el frontend, utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job. Para lo cual, será necesario utilizar el comando mnsubmit, así como los editores vi o nano.

Plantilla:

#!/bin/bash
#@ job_name = sleep_%j
#@ initialdir = .
#@ output = sleep_%j.out
#@ error = sleep_%j.err
#@ total_tasks = 1
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
echo "Nodo: ${SLURM_NODELIST}"

echo "Hora de inicio `date`"
sleep 30
echo "Hora de fin `date`"

3. Envío de jobs:

   [user@login1 ~]$ mnsubmit sleep_template
   Submitted batch job 621336
   

4. Para monitorizar el job use el comando mnq:

   [user@login1 ~]$ mnq
     JOBID     NAME     USER    STATE       TIME TIMELIMIT CPUS  NODES NODELIST(REASON)
    621336 0.sleep_     user  PENDING       0:00      2:00    1      1 (Priority)
   
   

5. Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de output(sleep_%j.out) y error(sleep_%j.err).

Práctica 2

Una vez enviado nuestro primer job,

?HelloWorldOpenMP

[user@login1 ~]$ module load gcc
load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)

[user@login1 ~]$ gcc HelloWorldOpenMP.c -fopenmp -o HelloWorldOpenMP

#!/bin/bash 
#@ job_name = openmp_%j
#@ initialdir = .
#@ output = openmp_%j.out
#@ error = openmp_%j.err
#@ total_tasks = 32
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
echo "Numero de nodos: ${SLURM_NNODES}"
echo "Nodos: ${SLURM_NODELIST}"

./HelloWorldOpenMP

$ module load gcc
load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
$ mnsubmit HelloWorldOpenMP_template
Submitted batch job 621342

5. Compruebe el resultado obtenido en los ficheros output (openmp_%j.out) y error (openmp_%j.err).

Práctica 3

Repita el envío del job de la práctica 3 modificando el número de threads a ejecutar, pero sin modificar el número de nodos. Para ello, utilice la variable de entorno OMP_NUM_THREADS. La platilla a utilizar en ese caso será:

#!/bin/bash 
#@ job_name = openmp_%j
#@ initialdir = .
#@ output = openmp_%j.out
#@ error = openmp_%j.err
#@ total_tasks = 32
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
export OMP_NUM_THREADS=XX

echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
echo "Numero de nodos: ${SLURM_NNODES}"
echo "Nodos: ${SLURM_NODELIST}"

./HelloWorldOpenMP

Donde XX es el número de threads.