= ALTAMIRA =

[[NoteBox(note, Se recomienda la lectura la [https://grid.ifca.es/wiki/Supercomputing/Userguide  guía de usuario] del Supercomputador Altamira antes de la realización de las prácticas.)]]

== Práctica 1 ==
El objetivo de esta práctica es tomar contacto con el uso del Supercomputador Altamira, así como del sistema de colas [https://computing.llnl.gov/linux/slurm/ SLURM] instalado en él:

1. Conéctese al frontend de Altamira (altamira1.ifca.es) mediante el comando `ssh` (!Linux/Mac OS) o el programa [http://the.earth.li/~sgtatham/putty/latest/x86/putty.exe PyTTY] (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido un correo con una cuenta y una clave de acceso:
{{{
[user@localmachine ~]$ ssh user@altamira1.ifca.es
}}}

2. Desde el frontend, utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job. Para lo cual, será necesario utilizar el comando '''mnsubmit''', así como los editores '''vi''' o '''nano'''.
 
 Plantilla:
{{{
#!/bin/bash
#@ job_name = sleep_%j
#@ initialdir = .
#@ output = sleep_%j.out
#@ error = sleep_%j.err
#@ total_tasks = 1
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
echo "Nodo: ${SLURM_NODELIST}"

echo "Hora de inicio `date`"
sleep 30
echo "Hora de fin `date`"
}}}

3. Envío del job:
{{{
[user@login1 ~]$ mnsubmit sleep_template
Submitted batch job 621336
}}}
4. Para monitorizar el job use el comando '''mnq''':
{{{
[user@login1 ~]$ mnq
  JOBID     NAME     USER    STATE       TIME TIMELIMIT CPUS  NODES NODELIST(REASON)
 621336 0.sleep_     user  PENDING       0:00      2:00    1      1 (Priority)

}}}
5. Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de '''output'''(sleep_%j.out) y '''error'''(sleep_%j.err).

== Práctica 2 ==
Una vez enviado nuestro primer job, ejecutaremos un job de tipo openMP usando el código del programa [http://moodle.unican.es/moodle27/pluginfile.php/96708/mod_resource/content/0/HelloWorldOpenMP.c HelloWorldOpenMP].

1. Haciendo uso del programa '''module''' cargar el compilador ''gcc'':
{{{
[user@login1 ~]$ module load gcc
load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
}}}

2. Compilar el programa ''HelloWorldOpenMP.c'' y generar un ejecutable con el nombre ''HelloWorldOpenMP'':
{{{ 
[user@login1 ~]$ gcc HelloWorldOpenMP.c -fopenmp -o HelloWorldOpenMP
}}}

3. Plantilla a ejecutar en el supercomputador:
{{{
#!/bin/bash 
#@ job_name = openmp_%j
#@ initialdir = .
#@ output = openmp_%j.out
#@ error = openmp_%j.err
#@ total_tasks = 32
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"

./HelloWorldOpenMP
}}}

Para mas información sobre las variables de entorno [http://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_OUTPUT%20ENVIRONMENT%20VARIABLES link]

4. Envió del job openMP:
{{{
$ module load gcc
load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
$ mnsubmit HelloWorldOpenMP_template
Submitted batch job 621342
}}}

5. Una vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros '''output''' (openmp_%j.out) y '''error''' (openmp_%j.err).

== Práctica 3 ==
Repita el envío del job de la práctica 3 modificando el número de ''threads'' a ejecutar, pero sin modificar el número de nodos. Para ello, utilice la variable de entorno `OMP_NUM_THREADS`. La plantilla a utilizar en ese caso será: 
{{{
#!/bin/bash 
#@ job_name = openmp_%j
#@ initialdir = .
#@ output = openmp_%j.out
#@ error = openmp_%j.err
#@ total_tasks = 32
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
export OMP_NUM_THREADS=XX

echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"

./HelloWorldOpenMP
}}}
 Donde '''XX''' es el número de ''threads'' a ejecutar.

1. Envíe 3 jobs con '''XX''' igual a 8, 16 y 32, y compruebe si los resultados son el esperados.