ALTAMIRA

Se recomienda la lectura la ​guía de usuario del Supercomputador Altamira antes de la realización de las prácticas.

Práctica 1

El objetivo de esta práctica es tomar contacto con el uso del Supercomputador Altamira, así como del sistema de colas ​SLURM instalado en él:

• Conéctese al frontend de Altamira (altamira1.ifca.es) mediante el comando ssh (Linux/Mac OS) o el programa ​PyTTY (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido un correo con una cuenta y una clave de acceso:

  [user@localmachine ~]$ ssh user@altamira1.ifca.es
  

• Desde el frontend, utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job. Para lo cual, será necesario utilizar el comando mnsubmit, así como los editores vi o nano.

Plantilla:

#!/bin/bash
#@ job_name = sleep_%j
#@ initialdir = .
#@ output = sleep_%j.out
#@ error = sleep_%j.err
#@ total_tasks = 1
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
echo "Nodo: ${SLURM_NODELIST}"

echo "Hora de inicio `date`"
sleep 30
echo "Hora de fin `date`"

• Envío del job:

  [user@login1 ~]$ mnsubmit sleep_template
  Submitted batch job 621336
  

• Para monitorizar el job use el comando mnq:

  [user@login1 ~]$ mnq
    JOBID     NAME     USER    STATE       TIME TIMELIMIT CPUS  NODES NODELIST(REASON)
   621336 0.sleep_     user  PENDING       0:00      2:00    1      1 (Priority)
  
  

• Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de output(sleep_%j.out) y error(sleep_%j.err).

Práctica 2

Una vez enviado nuestro primer job, ejecutaremos un job de tipo openMP usando el código del programa [ ​http://moodle.unican.es/pluginfile.php/129616/mod_resource/content/0/omp_hello.c HelloWorldOpenMP].

• Haciendo uso del programa module cargar el compilador gcc:

  [user@login1 ~]$ module load gcc
  load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
  

• Compilar el programa HelloWorldOpenMP.c y generar un ejecutable con el nombre HelloWorldOpenMP:

  [user@login1 ~]$ gcc HelloWorldOpenMP.c -fopenmp -o HelloWorldOpenMP
  

• Plantilla a ejecutar en el supercomputador:

  #!/bin/bash 
  #@ job_name = openmp_%j
  #@ initialdir = .
  #@ output = openmp_%j.out
  #@ error = openmp_%j.err
  #@ total_tasks = 32
  #@ wall_clock_limit = 00:02:00
   
  echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
  echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
  echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
  echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
  
  ./HelloWorldOpenMP
  

  Más información sobre las variables de entorno (${SLRUM_*}) en el ​link.

• Envió del job openMP:

  $ module load gcc
  load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
  $ mnsubmit HelloWorldOpenMP_template
  Submitted batch job 621342
  

• Una vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros output (openmp_%j.out) y error (openmp_%j.err). ¿ El resultado obtenido es el esperado? ¿Por qué?.

Práctica 3

Repita el envío del job de la práctica 3 modificando el número de threads a ejecutar, pero sin modificar la variable total_tasks. Para ello, utilice la variable de entorno OMP_NUM_THREADS.

• La plantilla a utilizar en ese caso será:

  #!/bin/bash 
  #@ job_name = openmp_%j
  #@ initialdir = .
  #@ output = openmp_%j.out
  #@ error = openmp_%j.err
  #@ total_tasks = 2
  #@ wall_clock_limit = 00:02:00
   
  export OMP_NUM_THREADS=XX
  
  echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
  echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
  echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
  echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
  
  ./HelloWorldOpenMP
  

  Donde XX es el número de threads a ejecutar.

• Envíe 3 jobs con XX igual a 4 y 8, y compruebe si los resultados son el esperados.