Changes between Version 45 and Version 46 of ColasPBS


Ignore:
Timestamp:
Sep 30, 2011 1:32:20 PM (11 years ago)
Author:
lluis
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified

  • ColasPBS

    v45 v46  
    131131#PBS -l walltime=[HH]:[MM]:[SS]
    132132### Max memory
    133 #PBS -l vmem=[MM][kb/mb/gb/tb]
     133#PBS -l mem=[MM][kb/mb/gb/tb]
    134134### Queue name
    135135#PBS -q [queueNAME]
    … …  
    159159 * ''-N [jobname] :'' nombre del job
    160160 * ''-l walltime=[HH]:[MM]:[SS] :'' duración del job (en {{{[horas]:[minutos]:[segundos]}}}).
    161  * ''-l vmem=[MM][kb/mb/gb/tb] :'' memoria requerida y límite de la memoria (número entero) en kb: kilobytes, mb: megas, gb: gigas, tb: teras (''NOTA:'' la memoria del nodo se irá consumiendo con los valores de 'vmem' de cada job. El job que requiera mas memoria que la que le queda libre al nodo, se quedará a la espera hasta que se libere la memoria necesaria)
     161 * ''-l mem=[MM][kb/mb/gb/tb] :'' memoria requerida y límite de la memoria (número entero) en kb: kilobytes, mb: megas, gb: gigas, tb: teras (''NOTA:'' la memoria del nodo se irá consumiendo con los valores de 'mem' de cada job. El job que requiera mas memoria que la que le queda libre al nodo, se quedará a la espera hasta que se libere la memoria necesaria. Si el job al correr supera el límite, el sistema de colas lo matará)
    162162 * ''-q [queue] :'' nombre de la cola a la cual se manda el job
    163163 * ''-m [flags] :'' indica cuando se tiene que mandar un correo. Si no se pone este requerimiento si el job es abortado por el sistema se manda un correo al usuario (variable {{{MAIL}}}). Hay las siguientes opciones (son combinables):
    … …  
    189189o bien por la línea de comandos en una línea como sigue:
    190190  {{{
    191 qsub -N [jobname] -l walltime=[HH]:[MM]:[SS] -l vmem=[MM] -q [queueNAME] -m [flags] -M [emailCOUNT] -e [rutaArchivo]
     191qsub -N [jobname] -l walltime=[HH]:[MM]:[SS] -l mem=[MM] -q [queueNAME] -m [flags] -M [emailCOUNT] -e [rutaArchivo]
    192192-o [rutaArchivo] -W afterany:[jobid] -t [array] -v [variable] -l nodes=[N]:ppn=[M] [aplicacion]
    193193}}}
    … …  
    304304
    305305=== Memoria insuficiente ===
    306 Para evitar generar problemas en los nodos por exceso de uso de memoria se tiene el flag 'vmem'. A modo de ejemplo se tiene un programa de Fortran que ocupa en memoria 160 MB. Mandamos un job con 150MB de límite de memoria.
     306Para evitar generar problemas en los nodos por exceso de uso de memoria se tiene el flag 'mem'. A modo de ejemplo se tiene un programa de Fortran que ocupa en memoria 160 MB. Mandamos un job con 150MB de límite de memoria.
    307307{{{
    308308#!/bin/bash
    … …  
    310310#PBS -N prueba
    311311### Max memory
    312 #PBS -l vmem=150mb
     312#PBS -l mem=150mb
    313313### Queue name
    314314#PBS -q grid
    … …  
    322322
    323323El job se lanza a la cola, y pasados unos segundos nos sale este mensaje en el fichero de salida 'prueba.e477378':
    324    {{{[lluis@mar Fortran]$ cat prueba.e477378
    325 =>> PBS: job killed: vmem 162836480 exceeded limit 157286400
     324   {{{
     325[lluis@mar Fortran]$ cat prueba.e477378
     326}}}
     327De momento (30 Sept. 2011) no sale mensaje de error. Se está trabajando para que mande algún mensaje
     328{{{#!comment
     329=>> PBS: job killed: mem 162836480 exceeded limit 157286400
    326330}}}
    327331