Changes between Version 68 and Version 69 of ColasPBS

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Jan 13, 2015 1:25:27 PM (7 years ago)

Author:

carlos

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--

ColasPBS

@@ -263 +263 @@
 }}}
 
-===== Array de jobs =====
-La cola PBS permite hacer un conjunto de jobs tratados de manera vectorial. A cada uno de estos jobs la cola PBS le assigna un único valor determinado por las directrices del flag {{{-t [array]}}}. Esto nos puede resultar útil para ejecutar múltiples veces un programa/aplicación en la que va variando un parámetro. Un ejemplo muy sencillo se puede construir con la función [http://www.mathworks.com/help/techdoc/ref/getenv.html genenv] de Matlab que nos permite coger variables del entorno. Para ilustrarlo se crea el archivo de matlab attachment:imprimir_numero.m, el cuál imprime por pantalla unos valores del sistema. Este programa lo ejecutaremos cinco veces independientemente con la siguiente script de colas (llamado matlab_pruebas.pbs):
-   {{{
-#!/bin/bash
-### Job name
-#PBS -N MATprueba
-### Max run time
-#PBS -l walltime=00:01:00
-### Queue name 
-#PBS -q grid 
-### Job mail
-#PBS -m ea
-#PBS -M user@unican.es
-### Array request
-#PBS -t 1-5
-### Number of nodes and processors per node
-#PBS -l nodes=1:ppn=1
-
-cd ${PBS_O_WORKDIR}
-
-export LD_ASSUME_KERNEL=2.6.18
-export PATH=/software/Matlab_R2009a/bin:$PATH
-matlab -logfile ${PBS_O_WORKDIR}/log_lluis.err -r "cd ${PBS_O_WORKDIR};imprimir_numero;" -nosplash -nodesktop
-}}}
-Lanzamos el job y aparecen:
-   {{{
-[user@ui ~]$ qstat -n1 | grep MAT
-308635-1.encina user    grid     MATprueba-  19710     1  --    --  48:00 R   --    wn002
-308635-2.encina user    grid     MATprueba-  19731     1  --    --  48:00 R   --    wn002
-308635-3.encina user    grid     MATprueba-   1060     1  --    --  48:00 R   --    wn003
-308635-4.encina user    grid     MATprueba-   1079     1  --    --  48:00 R   --    wn003
-308635-5.encina user    grid     MATprueba-  23120     1  --    --  48:00 R   --    wn004
-}}}
-
-Una vez terminado aparecen los siguientes ficheros en el directorio de trabajo:
-   {{{
-[user@ui ~]$ ls -l
--rw-r--r-- 1 user gmeteo 1030 Dec 14 17:43 log_user.err
--rwxr-xr-x 1 user gmeteo  526 Dec 14 17:42 matlab_prueba.pbs
--rw------- 1 user gmeteo  374 Dec 14 17:43 MATprueba.e308635-1
--rw------- 1 user gmeteo  374 Dec 14 17:43 MATprueba.e308635-2
--rw------- 1 user gmeteo  374 Dec 14 17:43 MATprueba.e308635-3
--rw------- 1 user gmeteo  374 Dec 14 17:43 MATprueba.e308635-4
--rw------- 1 user gmeteo  374 Dec 14 17:43 MATprueba.e308635-5
--rw------- 1 user gmeteo 1121 Dec 14 17:43 MATprueba.o308635-1
--rw------- 1 user gmeteo 1121 Dec 14 17:43 MATprueba.o308635-2
--rw------- 1 user gmeteo 1121 Dec 14 17:43 MATprueba.o308635-3
--rw------- 1 user gmeteo 1121 Dec 14 17:43 MATprueba.o308635-4
--rw------- 1 user gmeteo 1121 Dec 14 17:43 MATprueba.o308635-5
-}}}
-Aparecen los ficheros de salida de los cinco jobs. Miramos el contenido del tercero:
-   {{{
-[user@ui ~]$ cat MATprueba.e308635-3
-which: no shopt in (/software/Matlab_R2009a/bin:/software/CentOS/5.2/netcdf/4.1.1/gcc-gfortran4.1.2/bin:/opt/d-ca
-che/srm/bin:/opt/d-cache/dcap/bin:/opt/edg/bin:/opt/glite/bin:/opt/globus/bin:/opt/lcg/bin:/bin:/usr/bin:/oceano/
-gmeteo/users/lluis/bin)
-[user@ui ~]$ cat MATprueba.o308635-3
-Warning: No display specified.  You will not be able to display graphics on the screen.
-Warning: No window system found.  Java option 'MWT' ignored
-
-                            < M A T L A B (R) >
-                  Copyright 1984-2009 The MathWorks, Inc.
-                Version 7.8.0.347 (R2009a) 64-bit (glnxa64)
-                             February 12, 2009
-
- 
-  To get started, type one of these: helpwin, helpdesk, or demo.
-  For product information, visit www.mathworks.com.
- 
-
-shellpath =
-
-/software/Matlab_R2009a/bin:/software/CentOS/5.2/netcdf/4.1.1/gcc-gfortran4.1.2/bin:/opt/d-cache/srm/bin:/opt/d-ca
-che/dcap/bin:/opt/edg/bin:/opt/glite/bin:/opt/globus/bin:/opt/lcg/bin:/bin:/usr/bin:/oceano/gmeteo/users/lluis/bin
-
-Este es el path: /software/Matlab_R2009a/bin:/software/CentOS/5.2/netcdf/4.1.1/gcc-gfortran4.1.2/bin:/opt/d-cache/
-srm/bin:/opt/d-cache/dcap/bin:/opt/edg/bin:/opt/glite/bin:/opt/globus/bin:/opt/lcg/bin:/bin:/usr/bin:/oceano/gmete
-o/users/lluis/bin
-
-pbsjob =
-
-308635-3.encina
-
-Esta es la realizacion: "308635-3.encina"
-
-num =
-
-3
-
-
-num =
-
-     3
-
-Este es el numero: 3
-}}}
-Mientras que en el correo (llegando por orden de finalización), me aparecen 5 correos con el título:{{{PBS JOB 308635-[N].ce01.macc.unican.es}}} siendo [N]=(1,5). El contenido del correo {{{#3}}}
-   {{{
-PBS Job Id: 308635-3.encina
-Job Name:   MATprueba-3
-Exec host:  wn003.macc.unican.es/0
-Execution terminated
-Exit_status=0
-resources_used.cput=00:00:02
-resources_used.mem=0kb
-resources_used.vmem=0kb
-resources_used.walltime=00:00:18
-}}}
-
 ===== Trabajo con variable =====
 Tomamos el job sencillo de ejemplo. En este caso el tiempo de espera para la escript se lo pasaremos como variable del job.