Changes between Version 14 and Version 15 of Enviamatlab


Ignore:
Timestamp:
Oct 5, 2011 6:10:59 PM (11 years ago)
Author:
gutierjm
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
  • Enviamatlab

    v14 v15  
    33----
    44= Envío de trabajos Matlab al cluster =
    5 El acceso al cluster por ssh es 'mar.macc.unican.es' y los trabajos en Matlab hay que lanzarlos utilizando 'enviamatlab.sh', que se encarga de mandar el trabajo a la cola 'estadistica', que es la cola por defecto para los trabajos de Matlab; esta cola puede ejecutar hasta 24 trabajos a la vez: nodos WN10, WN11 y WN12 ('''nodes'''), con 8 procesadores cada uno ('''ppn'''). El script 'enviamatlab.sh' se ha añadido en un directorio del cluster ({{{/software/MachineIndependent/bin/}}}) accesible por todos los usuarios. Por tanto, si os logueais en mar y poneis '{{{which enviamatlab.sh}}}' (es decir, busca la ruta donde está '{{{enviamatlab.sh}}}') todos deberíais ver:
     5El acceso al cluster por ssh es 'mar.macc.unican.es' y los trabajos en Matlab hay que lanzarlos utilizando 'enviamatlab.sh', que se encarga de mandar el trabajo a la cola 'estadistica', que es la cola por defecto para los trabajos de Matlab; esta cola puede ejecutar hasta 24 trabajos a la vez: nodos WN10, WN11 y WN12 ('nodes'), con 8 procesadores cada uno ('ppn'). El script 'enviamatlab.sh' se ha añadido en un directorio del cluster ({{{/software/MachineIndependent/bin/}}}) accesible por todos los usuarios. Por tanto, si os logueais en mar y poneis '{{{which enviamatlab.sh}}}' (es decir, busca la ruta donde está '{{{enviamatlab.sh}}}') todos deberíais ver (sino hablar con Antonio o Sixto):
    66
    77 {{{
     
    1010}}}
    1111
    12 Por tanto, para ejecutar cualquier programa de Matlab basta que llaméis a este script desde el directorio donde tengáis el fichero ".m" que queráis ejecutar '''SIN TENER UNA COPIA EN LOCAL''':
     12Para ejecutar cualquier programa de Matlab hay que llamar a este script desde el directorio donde tengáis el fichero ".m" (en el ejemplo de abajo, en el home "~"):
    1313
    1414{{{
    1515[gutierjm@mar ~]$ enviamatlab.sh script.m
    1616}}}
     17
    1718De este modo, se generarán en la carpeta dos ficheros:
    18 
    1919 * '''matlabqsub.20091123T105716:''' este fichero lo genera el enviamatlab y será el que arranque matlab y ejecute el srcipt.m. El final del nombre es la fecha de ejecución.
    2020 * '''script.20091123T105716.log:''' en este fichero se recoge la salida por pantalla de Matlab.
     
    2222Al final de la ejecución del script.m se genera un nuevo fichero '''script.o114037''', donde el número indica el identificador del job ejecutado.
    2323
    24 Una vez ejecutamos la función nos aparecerá por pantalla una serie de mensajes, como se muestra en el ejemplo, en los que se muestra la información del trabajo enviado. En la última línea se muestra el identificador del trabajo ('''!JobId''', en el ejemplo '''121176''') seguido del nombre de la máquina, ce01.macc.unican.es (esta máquina es el submitting machine, pero no es la que ejecuta el job; para monitorizar los jobs ver la sección de monitorización) . Este identificador nos servirá para informarnos del estado del trabajo.
     24Una vez ejecutamos la función nos aparecerá por pantalla una serie de mensajes con la información del trabajo enviado. En la última línea se muestra el identificador del trabajo ('''!JobId''', en el ejemplo '''121176''') seguido del nombre de la máquina, ce01.macc.unican.es (esta máquina es el submitting machine, pero no es la que ejecuta el job; para monitorizar los jobs ver la sección de monitorización) .
    2525
    2626{{{
     
    4141}}}
    4242
    43 Por defecto, ''enviaMatlab'' envía los trabajos a un sólo procesador (ppn) con un límite de 750mb de memoria. Si el job consume más memoria, la cola lo interrumpe. Si se necesita correr trabajos que consuman más memoria hay una opción para reservar el doble de memoria:
     43Por defecto, ''enviamatlab'' envía los trabajos a '''un sólo procesador (ppn) con un límite de 750mb de memoria (mem)'''. Si el job consume más memoria, la cola lo interrumpe. Si se necesita correr trabajos que consuman más memoria hay una opción para reservar el doble de memoria:
    4444{{{
    4545[gutierjm@mar ~]$  enviamatlab.sh  test.m -l mem=1500mb -l nodes=1:ppn=2