Changes between Version 15 and Version 16 of Enviamatlab


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Oct 5, 2011 6:17:48 PM (11 years ago)
Author:
gutierjm
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  • Enviamatlab

    v15 v16  
    1 [[NoteBox(warn, Si envias un job con Matlab2009 sin usar el `enviamatlab` se puede consumir mas CPU de la asignada. help maxNumCompThreads)]]
    2 
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    42= Envío de trabajos Matlab al cluster =
    5 El acceso al cluster por ssh es 'mar.macc.unican.es' y los trabajos en Matlab hay que lanzarlos utilizando 'enviamatlab.sh', que se encarga de mandar el trabajo a la cola 'estadistica', que es la cola por defecto para los trabajos de Matlab; esta cola puede ejecutar hasta 24 trabajos a la vez: nodos WN10, WN11 y WN12 ('nodes'), con 8 procesadores cada uno ('ppn'). El script 'enviamatlab.sh' se ha añadido en un directorio del cluster ({{{/software/MachineIndependent/bin/}}}) accesible por todos los usuarios. Por tanto, si os logueais en mar y poneis '{{{which enviamatlab.sh}}}' (es decir, busca la ruta donde está '{{{enviamatlab.sh}}}') todos deberíais ver (sino hablar con Antonio o Sixto):
     3El acceso al cluster por ssh es 'mar.macc.unican.es' y los trabajos en Matlab hay que lanzarlos utilizando 'enviamatlab.sh', que se encarga de mandar el trabajo a la cola 'estadistica', que es la cola por defecto para los trabajos de Matlab; esta cola puede ejecutar hasta 24 trabajos a la vez: nodos WN10, WN11 y WN12 ('nodes'), con 8 procesadores cada uno ('ppn'). En la versión 2009  (que es la que usa el cluster actualmente) Matlab puede consumir mas CPU de la asignada si no se usa correctamente. Esto está resuelto en el script 'enviamatlab', pero para sesiones interactivas hay que habilitar una opción especial de la sesión ('help maxNumCompThreads', para más detalles).
     4
     5El script 'enviamatlab.sh' se ha añadido en un directorio del cluster ({{{/software/MachineIndependent/bin/}}}) accesible por todos los usuarios. Por tanto, si os logueais en mar y poneis '{{{which enviamatlab.sh}}}' (es decir, busca la ruta donde está '{{{enviamatlab.sh}}}') todos deberíais ver (sino hablar con Antonio o Sixto):
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    77 {{{
     
    7676En este apartado podéis escribir las observaciones, dificultades o aclaraciones que encontréis o creáis necesarias a la hora de usar el cluster.
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    78  * Como ya se ha indicado, para poder mandar jobs al cluster debemos tener las función enviamatlab2009.sh o enviamatlab65.sh (quien las necesite se las puede pedir a Rodri) en el mismo directorio que el script que a ejecutar. Una vez copiada/s en el directorio correspondiente y después de habernos asegurado de que está/n correctamente implementada/s, es decir, tiene nuestro nombre de usuario y las demás variables que nos identifican correctamente, podemos ejecutarla/s sin problema alguno siguiendo las instrucciones explicadas anteriormente.
    7978 * Es importante tener en cuenta que el Matlab en el que se arranca el proceso no tiene porque tener inicializada !MeteoLab y que, por lo tanto, debemos añadir al script una orden para que la inicialice. Bastaría con añadir al inicio del script la ruta de acceso al !MeteoLab que utilicemos (es recomendable tenerla siempre actualizada en nuestro home), ejecutar el programa init (que arranca la toolbox) y volver al directorio en el que queremos trabajar. De este modo podremos trabajar con todas las funciones de !MeteoLab.
    8079 * A la hora de marcar las rutas en Linux debemos usar los elementos propios de este sistema. En particular debemos usar la '/' en lugar de la '\' usada habitualmente en Windows. Es importante crear los scripts de modo que puedan ser entendidos en Linux. Para consultar dudas podéis preguntar a Chus, Antonio, etc.
    81  * Las funciones de Meteolab ya están escritas de modo que puedan ejecutarse en Linux y Windows indistintamente (en principio).
    8280 * Siempre que tengamos algún problema con la sintaxis de un comando o no sepamos exactamente qué es lo que hace podemos acudir a su manual. Por ejemplo, en el caso del comando qstat (monitorización de trabajos) bastaría con teclear man qstat.