Changes between Version 19 and Version 20 of Enviamatlab


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Oct 6, 2011 9:36:58 AM (11 years ago)
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antonio
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  • Enviamatlab

    v19 v20  
    1 El acceso al cluster por ssh es '''mar.macc.unican.es''' y los trabajos en Matlab hay que lanzarlos utilizando '''enviamatlab.sh''', que se encarga de mandar el trabajo a la cola 'estadística' (que es la cola por defecto para los trabajos de Matlab; esta cola puede ejecutar hasta 24 trabajos a la vez: nodos WN10, WN11 y WN12, con 8 procesadores cada uno). En la versión 2009  (que es la que usa el cluster actualmente) Matlab puede consumir más CPU de la asignada si no se usa correctamente. Por tanto, sólo debe utilizarse 'enviamatlab' para ejecutar trabajos matlab en el cluster, salvo que se haga en sesiones interactivas con la ayuda de Antonio o Sixto (en este caso hay que habilitar una opción especial de la sesión 'help maxNumCompThreads', que no es trivial utilizar).
     1El acceso al cluster se realiza por `ssh` a '''mar.macc.unican.es''' y los trabajos en Matlab hay que lanzarlos utilizando `enviamatlab.sh`, que se encarga de mandar el trabajo a la cola `estadistica` (que es la cola por defecto para los trabajos de Matlab; esta cola puede ejecutar hasta 24 trabajos a la vez: nodos WN10, WN11 y WN12, con 8 procesadores cada uno). En la versión 2009  (que es la que usa el cluster actualmente) Matlab puede consumir más CPU de la asignada si no se usa correctamente. Por tanto, sólo debe utilizarse 'enviamatlab' para ejecutar trabajos matlab en el cluster, salvo que se haga en sesiones interactivas con la ayuda de Antonio o Sixto (en este caso hay que habilitar una opción especial de la sesión 'help maxNumCompThreads', que no es trivial utilizar).
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    3 El script 'enviamatlab.sh' se ha añadido en un directorio del cluster ({{{/software/MachineIndependent/bin/}}}) accesible por todos los usuarios. Por tanto, si os logueais en mar y poneis '{{{which enviamatlab.sh}}}' (es decir, busca la ruta donde está '{{{enviamatlab.sh}}}') todos deberíais ver (sino es así, hablar con Antonio o Sixto):
     3El script 'enviamatlab.sh' se ha añadido en un directorio del cluster ({{{/software/MachineIndependent/bin/}}}) accesible por todos los usuarios. Por tanto, si os logueais en mar y poneis '{{{which enviamatlab.sh}}}' (es decir, busca la ruta donde está '{{{enviamatlab.sh}}}') todos deberíais ver (sino es así, [/newticket?type=support&component=Cluster&cc=antonio,sixto hablar con Antonio o Sixto]):
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    55 {{{
     
    3939[gutierjm@mar ~]$  enviamatlab.sh  test.m -l mem=1500mb -l nodes=1:ppn=2
    4040}}}
    41 o cuatro veces más (hasta 3GB de memoria). Si necesitáis ejecutar jobs que requieran más memoria, hablar con Sixto o con Antonio.
     41o cuatro veces más (hasta 3GB de memoria). Si necesitáis ejecutar jobs que requieran más memoria, [/newticket?type=support&component=Cluster&cc=antonio,sixto hablar con Antonio o Sixto].
    4242{{{
    4343[gutierjm@mar ~]$  enviamatlab.sh  test.m -l mem=3000mb -l nodes=1:ppn=4
     
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    7272 * Es importante tener en cuenta que el Matlab en el que se arranca el proceso no tiene porque tener inicializada !MeteoLab y que, por lo tanto, debemos añadir al script una orden para que la inicialice. Bastaría con añadir al inicio del script la ruta de acceso al !MeteoLab que utilicemos (es recomendable tenerla siempre actualizada en nuestro home), ejecutar el programa init (que arranca la toolbox) y volver al directorio en el que queremos trabajar. De este modo podremos trabajar con todas las funciones de !MeteoLab.
    73  * A la hora de marcar las rutas en Linux debemos usar los elementos propios de este sistema. En particular debemos usar la '/' en lugar de la '\' usada habitualmente en Windows. Es importante crear los scripts de modo que puedan ser entendidos en Linux. Para consultar dudas podéis preguntar a Chus, Antonio, etc.
     73 * A la hora de marcar las rutas en Linux debemos usar los elementos propios de este sistema. En particular debemos usar la '/' en lugar de la '\' usada habitualmente en Windows. Es importante crear los scripts de modo que puedan ser entendidos en Linux. Para consultar dudas podéis [/newticket?type=support&component=Cluster&cc=antonio,sixto,chus preguntar a Chus, Antonio, Sixto, etc].
    7474 * Siempre que tengamos algún problema con la sintaxis de un comando o no sepamos exactamente qué es lo que hace podemos acudir a su manual. Por ejemplo, en el caso del comando qstat (monitorización de trabajos) bastaría con teclear man qstat.
     75 * Si teneis algún problema, y necesitais la imperiosa necesidad de enviar un correo, es mejor que useis el sistema de tickets que tenemos, en lugar del correo, ya que así las conversaciones se guardan y pueden servir para el futuro. [/newticket?type=support&component=Cluster&cc=antonio,sixto Pincha aquí para mandar un ticket, o guarda este enlace en tus 'Favoritos' para futuras ocasiones]