Changes between Version 3 and Version 4 of Monitorizacion

Timestamp:

Dec 10, 2009 9:02:14 AM (12 years ago)

Author:

sixto

Comment:

--

Monitorizacion

@@ -1 +1 @@
 = Monitorización =
-
 El sistema de colas tiene básicamente dos modos de monitorizar los trabajos enviados:
+
  * Mediante los ficheros de salida generados por el job.
  * Mediante comandos directamente en la ventana de ssh.
@@ -12 +12 @@
  * '''script.20091123T105716.log:''' en este fichero se recoge la salida por pantalla de Matlab y script representa el nombre de archivo .m ejecutado. De nuevo es la fecha la que se muestra tras el nombre del script.
 
-Una vez el trabajo ha finalizado se genera un nuevo fichero '''script.o114037''', donde el número indica el identificador del job ejecutado, en el que se recoge la salida completa del job. Si se ha incorporado una dirección de correo electrónico, también se recibirá un e-mail indicando el final del job con el asunto PBS JOB JobId.ce01.macc.unican.es. 
-En alguna versión del enviamatlab también se genera un fichero de error llamado '''script.e114037''' de forma equivalente a la estructura del fichero de salida.
+Una vez el trabajo ha finalizado se genera un nuevo fichero '''script.o114037''', donde el número indica el identificador del job ejecutado, en el que se recoge la salida completa del job. Si se ha incorporado una dirección de correo electrónico, también se recibirá un e-mail indicando el final del job con el asunto PBS JOB !JobId.ce01.macc.unican.es.  En alguna versión del enviamatlab también se genera un fichero de error llamado '''script.e114037''' de forma equivalente a la estructura del fichero de salida.
 
 ----
-
 Desde oceano podemos utilizar distintos comandos u órdenes para consultar el estado de un trabajo, de la cola, etc. Aunque normalmente habría que conectarse a la máquina ce01 anteponiendo el comando ssh ce01 a la orden que queramos ejecutar (qstat, qdel, etc.), este comando puede omitirse ya que la propia máquina ''autocompleta'' la orden. Introduzcamos los más útiles:
 
@@ -24 +22 @@
 [rodri@oceano ejemplo]$  qstat -n1
 
+
 ce01.macc.unican.es: 
+
                                                                    Req'd  Req'd   Elap
+
 Job ID               Username Queue    Jobname    SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
+
 -------------------- -------- -------- ---------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
+
 120765.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  22862     1  --    --    --  R 06:06
+
    wn023+wn023+wn023+wn023+wn023+wn023+wn023+wn023
+
 120770.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__   2766     1  --    --    --  R 06:06
+
    wn018+wn018+wn018+wn018+wn018+wn018+wn018+wn018
+
 120772.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__   6314     1  --    --    --  R 06:06
+
    wn015+wn015+wn015+wn015+wn015+wn015+wn015+wn015
+
 120773.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  14094     1  --    --    --  R 06:06
+
    wn014+wn014+wn014+wn014+wn014+wn014+wn014+wn014
+
 120776.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  27048     1  --    --    --  R 06:06
+
    wn011+wn011+wn011+wn011+wn011+wn011+wn011+wn011
+
 120777.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  13571     1  --    --    --  R 04:27
+
    wn010+wn010+wn010+wn010+wn010+wn010+wn010+wn010
+
 120778.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__   8356     1  --    --    --  R 02:38
+
    wn024+wn024+wn024+wn024+wn024+wn024+wn024+wn024
+
 120779.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  21718     1  --    --    --  R 02:38
+
    wn017+wn017+wn017+wn017+wn017+wn017+wn017+wn017
+
 120780.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__   6192     1  --    --    --  R 02:38
+
    wn020+wn020+wn020+wn020+wn020+wn020+wn020+wn020
+
 120781.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  17134     1  --    --    --  R 02:37
+
    wn025+wn025+wn025+wn025+wn025+wn025+wn025+wn025
+
 120782.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  20934     1  --    --    --  R 02:37
+
    wn021+wn021+wn021+wn021+wn021+wn021+wn021+wn021
+
 120783.ce01.macc.uni lluis    hmem     Pswh0000__  15540     1  --    --    --  R 02:37
+
    wn013+wn013+wn013+wn013+wn013+wn013+wn013+wn013
 }}}
-
 Al igual que para otras órdenes de unix, el comando grep limita la búsque a aquellos elementos que contengan la expresión que se pasa a continuación. Por ejemplo, si sólo queremos que se muestren los trabajos de un usuario concreto utilizaremos qstat -n | grep nombreUsuario. De este modo el comando seleccionará sólo las líneas en las cuales aparece el nombreUsuario.
 
 {{{
 [rodri@oceano ejemplo]$  qstat -n | grep rodri
+
 121138.ce01.macc.uni rodri    macc     val_1    28628     1  --    --  48:00 R 05:30
+
 121139.ce01.macc.uni rodri    macc     val_2    31232     1  --    --  48:00 R 03:37
+
 121176.ce01.macc.uni rodri    macc     test     29987     1  --    --  48:00 R 00:05
+
 121177.ce01.macc.uni rodri    macc     val_3    30127     1  --    --  48:00 C 00:01
 }}}
-
 Algunos de los parámetros mas representativos:
 
@@ -85 +113 @@
  * En el caso de utilizar el flag '''-n1''' también nos aparecen los nodos utilizados por el job.
 
-'''checkjob:''' Muestra por pantalla la información del trabajo que le especifiquemos mediante el JobId. Se ejecuta del siguiente modo:ssh ce01 checkjob JobId
+'''checkjob:''' Muestra por pantalla la información del trabajo que le especifiquemos mediante el !JobId. Se ejecuta del siguiente !modo:ssh ce01 checkjob !JobId
 
 {{{
 [rodri@oceano ejemplo]$ ssh ce01 checkjob 121176
+
 Scientific Linux CERN SLC release 4.6 (Beryllium)
 
 
+
 checking job 121176
 
+
 State: Running
+
 Creds:  user:rodri  group:gmeteo  class:macc  qos:DEFAULT
+
 WallTime: 00:07:29 of 2:00:00:00
+
 SubmitTime: Wed Dec  9 18:18:11
+
   (Time Queued  Total: 00:00:02  Eligible: 00:00:02)
 
+
 StartTime: Wed Dec  9 18:18:13
+
 Total Tasks: 1
 
+
 Req[0]  TaskCount: 1  Partition: DEFAULT
+
 Network: [NONE]  Memory >= 0  Disk >= 0  Swap >= 0
+
 Opsys: [NONE]  Arch: [NONE]  Features: [macc]
+
 Allocated Nodes:
+
 [wn007.macc.unican.es:1]
 
 
+
 IWD: [NONE]  Executable:  [NONE]
+
 Bypass: 0  StartCount: 1
+
 PartitionMask: [ALL]
+
 Flags:       BACKFILL
 
+
 Reservation '121176' (-00:07:48 -> 1:23:52:12  Duration: 2:00:00:00)
+
 PE:  1.00  StartPriority:  1
 }}}
-
-'''tracejob: '''Da información sobre los tiempos de trabajo del trabajo especificado por el JobId. Estos tiempos pueden consultarse tanto antes como después de la finalización del trabajo. La llamada a esta función es:
-
-ssh ce01 tracejob JobId
+'''tracejob: '''Da información sobre los tiempos de trabajo del trabajo especificado por el !JobId. Estos tiempos pueden consultarse tanto antes como después de la finalización del trabajo. La llamada a esta función es:
+
+ssh ce01 tracejob !JobId
 
 {{{
 [rodri@oceano ejemplo]$ ssh ce01 tracejob 121176
+
 Scientific Linux CERN SLC release 4.6 (Beryllium)
+
 /var/spool/pbs/server_priv/accounting/20091209: Permission denied
+
 /var/spool/pbs/mom_logs/20091209: No such file or directory
+
 /var/spool/pbs/sched_logs/20091209: No such file or directory
 
+
 Job: 121176.ce01.macc.unican.es
 
+
 12/09/2009 18:18:11  S    enqueuing into macc, state 1 hop 1
+
 12/09/2009 18:18:11  S    Job Queued at request of rodri@oceano.macc.unican.es, owner = rodri@oceano.macc.unican.es, job name = test, queue = macc
+
 12/09/2009 18:18:13  S    Job Modified at request of root@ce01.macc.unican.es
+
 12/09/2009 18:18:13  S    Job Run at request of root@ce01.macc.unican.es
+
 12/09/2009 18:18:13  S    Job Modified at request of root@ce01.macc.unican.es
 }}}
-
 '''qdel: '''Elimina un trabajo de la cola antes de que finalice. Para ello escribimos:
 
-ssh ce01 qdel JobId
+ssh ce01 qdel !JobId
 
 {{{
 [rodri@oceano ejemplo]$ qdel  121176
 }}}
-
 '''qsig: '''Este comando lo usaremos cuando se nos quede colgado un trabajo y no responda al comando qdel. Su sintaxis es la siguiente:
 
-ssh ce01 qsig -s TERM JobId
+ssh ce01 qsig -s TERM !JobId
 
 {{{
 [rodri@oceano ejemplo]$ ssh ce01 qsig -s TERM 121176
 }}}
-
 '''Otros comandos:'''