Changes between Version 2 and Version 3 of R


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Jan 16, 2018 1:00:42 PM (4 years ago)
Author:
gutierjm
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  • R

    v2 v3  
    3131En este caso el script de R que mando se llama pruebaR.R que está situado en el directorio WORKDIR = /oceano/gmeteo/WORK/bmedina/. Parámetros como -q, -l mem=2Gb o -M sirven para especificar la cola a la que se manda el script o la memoria requerida o la cuenta de correo asociada al script, respectivamente.
    3232
    33 De este modo, se generarán en la carpeta dos ficheros:
    34  * enviaR.pbs.e756142: este fichero lo genera el enviamatlab y será el que arranque matlab y ejecute el  {{{script.m}}}. El final del nombre es la fecha de ejecución.
    35  * ./pruebaR.${PBS_JOBID}.log: en este fichero se recoge la salida por pantalla de R.
    36 
    37 Al final de la ejecución del  {{{script.R}}} se genera un nuevo fichero 'enviaR.pbs.o756142', donde el número indica el identificador del job ejecutado.
     33De este modo, se generarán en la carpeta tres ficheros:
     34 * enviaR.pbs.e756142: un fichero que contiene los errores del sistema.
     35 * pruebaR.756142.log: en este fichero se recoge la salida por pantalla de R.
     36 * enviaR.pbs.o756142: un fichero que contiene los outputs del sistema.
    3837
    3938Hay que tener en cuenta que dentro del script.R probablemente llamemos a librerías que no estén precargadas por defecto en la versión de R del cluster. En ese caso tenemos que previamente haberlas instalado en un directorio personal y para cargarlas dirigir a R hacia ese directorio personal. Para ilustrar esta situación voy a iniciar una sesión interactiva de R. Para iniciar una sesión interactiva introducimos el siguiente comando:
     
    5251En este caso estoy instalando el paquete "glmnet". De esta manera en nuestro script de R, cada vez que llamemos a una librería que hemos instalado en nuestro directorio personal habrá que introducir el comando anterior.
    5352
    54 En nuestro caso podemos querer instalar las librerías transformeR, loadeR, downscaleR o visualizeR que están en github. Para ello primero hay que instalar el paquete devtools:
     53En nuestro caso podemos querer instalar las librerías transformeR, loadeR, downscaleR o visualizeR que están en github. Para ello primero hay que instalar el paquete devtools (en caso de que no esté previaente instalado en el R del cluster):
    5554{{{
    5655install.packages(“devtools”, lib = “/vols/abedul/meteo/bmedina/R/mylibs”)