Changes between Initial Version and Version 1 of SMG

Timestamp:

Mar 2, 2016 1:34:51 PM (6 years ago)

Author:

carlos

Comment:

--

SMG

@@ +1 @@
+= ALTAMIRA =
+
+[[NoteBox(note, Se recomienda la lectura la [https://grid.ifca.es/wiki/Supercomputing/Userguide  guía de usuario] del Supercomputador Altamira antes de la realización de las prácticas.)]]
+
+== Práctica 1 ==
+El objetivo de esta práctica es tomar contacto con el uso del Supercomputador Altamira, así como del sistema de colas [https://computing.llnl.gov/linux/slurm/ SLURM] instalado en él:
+
+* Conéctese al frontend de Altamira (altamira1.ifca.es) mediante el comando `ssh` (!Linux/Mac OS) o el programa [http://the.earth.li/~sgtatham/putty/latest/x86/putty.exe PyTTY] (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido un correo con una cuenta y una clave de acceso:
+{{{
+[user@localmachine ~]$ ssh user@altamira1.ifca.es
+}}}
+
+* Desde el frontend, utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job. Para lo cual, será necesario utilizar el comando '''mnsubmit''', así como los editores '''vi''' o '''nano'''.
+ 
+ Plantilla:
+{{{
+#!/bin/bash
+#@ job_name = sleep_%j
+#@ initialdir = .
+#@ output = sleep_%j.out
+#@ error = sleep_%j.err
+#@ total_tasks = 1
+#@ wall_clock_limit = 00:02:00
+ 
+echo "Nodo: ${SLURM_NODELIST}"
+
+echo "Hora de inicio `date`"
+sleep 30
+echo "Hora de fin `date`"
+}}}
+
+* Envío del job:
+{{{
+[user@login1 ~]$ mnsubmit sleep_template
+Submitted batch job 621336
+}}}
+* Para monitorizar el job use el comando '''mnq''':
+{{{
+[user@login1 ~]$ mnq
+  JOBID     NAME     USER    STATE       TIME TIMELIMIT CPUS  NODES NODELIST(REASON)
+ 621336 0.sleep_     user  PENDING       0:00      2:00    1      1 (Priority)
+
+}}}
+* Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de '''output'''(sleep_%j.out) y '''error'''(sleep_%j.err).
+
+== Práctica 2 ==
+Una vez enviado nuestro primer job, ejecutaremos un job de tipo openMP usando el código del programa [http://moodle.unican.es/moodle27/pluginfile.php/96708/mod_resource/content/0/HelloWorldOpenMP.c HelloWorldOpenMP].
+
+* Haciendo uso del programa '''module''' cargar el compilador ''gcc'':
+{{{
+[user@login1 ~]$ module load gcc
+load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
+}}}
+
+* Compilar el programa ''HelloWorldOpenMP.c'' y generar un ejecutable con el nombre ''HelloWorldOpenMP'':
+{{{ 
+[user@login1 ~]$ gcc HelloWorldOpenMP.c -fopenmp -o HelloWorldOpenMP
+}}}
+
+* Plantilla a ejecutar en el supercomputador:
+{{{
+#!/bin/bash 
+#@ job_name = openmp_%j
+#@ initialdir = .
+#@ output = openmp_%j.out
+#@ error = openmp_%j.err
+#@ total_tasks = 32
+#@ wall_clock_limit = 00:02:00
+ 
+echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
+echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
+echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
+echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
+
+./HelloWorldOpenMP
+}}}
+ Más información sobre las variables de entorno (${SLRUM_*}) en el [http://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_OUTPUT%20ENVIRONMENT%20VARIABLES link].
+
+* Envió del job openMP:
+{{{
+$ module load gcc
+load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
+$ mnsubmit HelloWorldOpenMP_template
+Submitted batch job 621342
+}}}
+
+* Una vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros '''output''' (openmp_%j.out) y '''error''' (openmp_%j.err). ¿ El resultado obtenido es el esperado? ¿Por qué?.
+
+== Práctica 3 ==
+Repita el envío del job de la práctica 3 modificando el número de ''threads'' a ejecutar, pero sin modificar la variable ''total_tasks''. Para ello, utilice la variable de entorno `OMP_NUM_THREADS`. 
+* La plantilla a utilizar en ese caso será: 
+{{{
+#!/bin/bash 
+#@ job_name = openmp_%j
+#@ initialdir = .
+#@ output = openmp_%j.out
+#@ error = openmp_%j.err
+#@ total_tasks = 32
+#@ wall_clock_limit = 00:02:00
+ 
+export OMP_NUM_THREADS=XX
+
+echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
+echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
+echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
+echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
+
+./HelloWorldOpenMP
+}}}
+ Donde '''XX''' es el número de ''threads'' a ejecutar.
+
+* Envíe 3 jobs con '''XX''' igual a 8, 16 y 32, y compruebe si los resultados son el esperados.