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SMG

Se recomienda la lectura la guía de usuario del Cluster SMG antes de la realización de las prácticas.

Práctica 1

El objetivo de esta práctica es tomar contacto con el uso del cluster, así como del sistema de PBS/TORQUE instalado en él:

Conéctese al frontend de SMG (ui.macc.unican.es) mediante el comando ssh (Linux/Mac OS) o el programa ?PyTTY (Windows). Para ello, previamente cada alumno ha recibido una cuenta y una clave de acceso que debe cambiar:
```
[user@ui ~]$ ssh user@ui.macc.unican.es
```

Desde el frontend, utilizando el comando qstat. Compruebe el numero de colas disponibles en cluster y si la cola 'course' se encuentra entre ellas. Si es así, por medio del comando qstat indique las caracteristicas basicas de la cola.

Utilizando la plantilla que se adjunta enviar un job de prueba. Para lo cual, será necesario utilizar el comando qsub, así como los editores vi o nano.

Plantilla:

#!/bin/bash
 
echo "Nodo: $HOSTNAME"

echo "Hora de inicio `date`"
sleep 30
echo "Hora de fin `date`"

Envío del job:

[user@ui ~]$ qsub -q course sleep_template

Comprobar el resultado obtenido en los ficheros de output y error. Como modificaria la plantilla para que que el fichero output se llamase 'sleep_template_output' y el error 'sleep_template_error' ?
Que comando ha de utilizarse para monitorizar solamente mis jobs?

Práctica 2

Una vez enviado nuestro primer job, ejecutaremos un job de tipo openMP usando el código del programa ?HelloWorldOpenMP.

Haciendo uso del compilador gcc, compilar el programa HelloWorldOpenMP.c y generar un ejecutable con el nombre HelloWorldOpenMP:
```
[user@ui ~]$ gcc HelloWorldOpenMP.c -fopenmp -o HelloWorldOpenMP
```

Plantilla a ejecutar en el supercomputador:

#!/bin/bash 
#@ job_name = openmp_%j
#@ initialdir = .
#@ output = openmp_%j.out
#@ error = openmp_%j.err
#@ total_tasks = 32
#@ wall_clock_limit = 00:02:00
 
echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"

./HelloWorldOpenMP

Envió del job openMP:

$ module load gcc
load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
$ mnsubmit HelloWorldOpenMP_template
Submitted batch job 621342

Una vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros output (openmp_%j.out) y error (openmp_%j.err). ¿ El resultado obtenido es el esperado? ¿Por qué?.