ALTAMIRA

Se recomienda la lectura la ​guía de usuario del Supercomputador Altamira antes de la realización de las prácticas.

Práctica 1

Realizar el cálculo del número Pi mediante openMP y openMPI. El objetivo de esta práctica es comprobar que opción es más eficiente desde el punto de vista del tiempo de ejecución. Para este propósito usaremos los códigos ​PiOpenMP.c y ​PiMPI.c.

1. Job OpenMP

• Haciendo uso del programa module cargar el compilador gcc:

  [user@login1 ~]$ module load gcc
  load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
  

• Compilar el programa PiOpenMP.c y generar un ejecutable con el nombre PiOpenMP:

  [user@login1 ~]$ gcc PiOpenMP.c -fopenmp -o PiOpenMP
  

• Plantilla a ejecutar en el supercomputador:

  #!/bin/bash 
  #@ job_name = pi_openmp_%j
  #@ initialdir = .
  #@ output = pi_openmp_%j.out
  #@ error = pi_openmp_%j.err
  #@ total_tasks = 16
  #@ wall_clock_limit = 00:02:00
  
  export OMP_NUM_THREADS=16
   
  echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
  echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
  echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
  echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
  
  time ./PiOpenMP
  

• Envió del job PiOpenMP:

  $ module load gcc
  load gcc/4.6.3 (PATH, MANPATH, LD_LIBRARY_PATH)
  $ mnsubmit PiOpenMP_template
  Submitted batch job 621356
  

2. Job openMPI:

• Haciendo uso del programa module cargar el compilador OPENMPI:

  [user@login1 ~]$ module load OPENMPI
  load OPENMPI/1.8.3 (PATH,LD_LIBRARY_PATH,MANPATH)
  

• Compilar el programa PiMPI.c y generar un ejecutable con el nombre PiMPI:

  [user@login1 ~]$ mpicc PiMPI.c -o PiMPI
  

• Plantilla a ejecutar en el supercomputador:

  #!/bin/bash 
  #@ job_name = pi_mpi_%j
  #@ initialdir = .
  #@ output = pi_mpi_%j.out
  #@ error = pi_mpi_%j.err
  #@ total_tasks = 16
  #@ wall_clock_limit = 00:02:00
   
  echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
  echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
  echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
  echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
  
  time mpirun -np 16 ./PiMPI
  

• Envió del job PiMPI:

  $ module load OPENMPI
  load OPENMPI/1.8.3 (PATH,LD_LIBRARY_PATH,MANPATH))
  $ mnsubmit PiMPI_template
  Submitted batch job 621357
  

• ¿Qué job ha tardado menos? ¿ Qué ocurre CuUna? vez finalizado el job, compruebe el resultado obtenido en los ficheros output (openmp_%j.out) y error (openmp_%j.err). ¿ El resultado obtenido es el esperado? ¿Por qué?.

Práctica 3

Repita el envío del job de la práctica 3 dificando el número de threads a ejecutar, pero sin modificar la variable total_tasks. Para ello, utilice la variable de entorno OMP_NUM_THREADS.

• La plantilla a utilizar en ese caso será:

  #!/bin/bash 
  #@ job_name = openmp_%j
  #@ initialdir = .
  #@ output = openmp_%j.out
  #@ error = openmp_%j.err
  #@ total_tasks = 32
  #@ wall_clock_limit = 00:02:00
   
  export OMP_NUM_THREADS=XX
  
  echo "Numero de procesos: ${SLURM_NPROCS}"
  echo "Numero de nodos: ${SLURM_JOB_NUM_NODES}"
  echo "Numero de procesos por nodo: ${SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE}"
  echo "Nodos: ${SLURM_JOB_NODELIST}"
  
  ./HelloWorldOpenMP
  

  Donde XX es el número de threads a ejecutar.

• Envíe 3 jobs con XX igual a 8, 16 y 32, y compruebe si los resultados son el esperados.